בעתירה הועלו מספר טיעונים, ובראשם הפגיעה בזכות השוויון:

1. מינהל מקרקעי ישראל הינו הגוף שבתחום אחריותו וסמכותו להחליט על ייעוד מתחם מגורים לסקטור מסוים, והוא מחויב לשמור על איזון בין זכויות אדם לבין אינטרסים ציבוריים. המינהל אינו רשאי להעביר סמכות זו ליזם פרטי, שיקבע על דעת עצמו מי יוכל להתגורר במתחם ומי לא.
   
2. סירובו של המינהל לבקשת עיריית תל אביב יפו שלא להחכיר מגרשים במתחם האתרוג, עומד בסתירה להתחייבותו מ-1995, אשר עוגנה בפסק דין של בית המשפט המחוזי, לספק 400 פתרונות דיור לתושבים ערבים זכאים. בפועל סיפק המינהל מאז רק כמה עשרות יחידות דיור.
   
3. החלטת מינהל מקרקעי ישראל להחכיר את המגרש ליזם המתבטא בצורה גזענית כנגד התושבים הערבים ביפו היא בלתי סבירה.

שופט בית המשפט המחוזי לעניינים מנהליים, יהודה זפט, החליט למחוק את העתירה על הסף מסיבות טכניות (ראו קובץ להורדה). ביולי 2009, הגישה האגודה לזכויות האזרח ערעור לבית המשפט העליון נגד מחיקת העתירה ובקשה למתן צו ביניים (ראו קובץ להורדה).

השופטת איילה פרוקצ'יה הורתה למינהל מקרקעי ישראל להימנע מלהעביר לחברת 'באמונה' את הזכויות במגרש, או לחילופין, במידה שכבר הועברו הזכויות, אסרה על חברת 'באמונה' להתחיל בפעולות כלשהן למימוש זכויות החכירה במגרש עד לקבלת החלטה אחרת בעניין (ראו קובץ להורדה).

בדיון בבית המשפט לעניינים מינהליים סרב השופט יהודה זפט, שמחק את העתירה בפעם הראשונה, לבקשת העותרים לפסול את עצמו מלדון בתיק, ובפברואר 2010, דחה את העתירה (ראו קובץ להורדה).

במרץ 2010 הוגש ערעור נוסף לבית המשפט העליון (ראו קובץ להורדה)